Nêu quan điểm về thanh tra hai cấp (Thanh tra Chính phủ và thanh tra cấp tỉnh thành), đại biểu Phạm Khánh Phong Lan (đoàn TPHCM) bày tỏ băn khoăn, dự thảo luật đang tập trung vào việc phòng chống lạm quyền, tiêu cực của thanh tra, trong khi quy định để quyền hạn, sức mạnh cho cơ quan thanh tra hiệu quả hơn vẫn chưa có giải pháp giải quyết tận gốc.
"Nếu so sánh ở nước ngoài thì thấy thanh tra của người ta quyền lực rất lớn. Đương nhiên quyền lực lớn có thể dẫn đến những nguy cơ về yếu tố lạm quyền. Song trong xây dựng luật, thanh tra bị trói tay trói chân rất nhiều.
Đại biểu Lan đặt câu hỏi: Tôi đơn cử tại sao chúng ta không có những quy định thoáng hơn để làm sao có thể thanh tra đột xuất được nhiều hơn là thanh tra kế hoạch"?

Trên thực tế, thanh tra kế hoạch thường được phê duyệt, thống nhất từ đầu năm, khi đi thanh tra phải thông báo cho đơn vị đề nghị chuẩn bị "chuyện này, chuyện kia". Có những đơn vị được thông báo trước vẫn có vi phạm, song việc thanh tra theo hình thức trên dẫn tới "hạn chế rất nhiều yếu tố bất ngờ".
Đại biểu Phạm Khánh Phong Lan ví dụ: “Vụ việc sữa giả và thực phẩm chức năng giả, Thủ tướng yêu cầu chúng ta ra quân cao điểm để dẹp việc này. Nhưng có một thực tế là khi lực lượng thanh tra chúng tôi đi đến đâu, hàng hóa được giấu hết, các nhà thuốc đều nói chúng tôi không bán thực phẩm chức năng… Rất khó để bắt quả tang khi chúng ta làm một việc gì có kế hoạch và rầm rộ thông tin từ trước".
Bà Lan cho rằng, quy định hiện nay với thanh tra đột xuất phải tuân thủ rất nhiều quy định, sau khi thanh tra phải giải trình với cấp trên. Đây là điều "trói tay, trói chân" thanh tra nên việc thanh tra chuyên ngành không có hiệu quả.
Về hình thức thanh tra, nhiều ý kiến đại biểu đề nghị bổ sung thêm chủ thể phát hiện dấu hiệu vi phạm để tiến hành thanh tra đột xuất, đồng thời, bổ sung các tiêu chí, quy định để có cơ chế tổ chức kế hoạch thanh tra đột xuất cho phù hợp để tránh tùy nghi trong tổ chức thực hiện ở các đơn vị được thanh tra.

Theo đại biểu Nguyễn Tạo (đoàn Lâm Đồng), cơ quan soạn thảo cần bổ sung việc đảm bảo quyền và lợi ích hợp pháp của đối tượng thanh tra; bổ sung kế hoạch thanh tra công khai và chia sẻ thông tin với cơ quan kiểm toán Nhà nước và các cơ quan quản lý có liên quan trong quá trình thanh tra để đảm bảo tính thống nhất khi thực hiện.
Trường hợp phát hiện có sự trùng lắp, chồng chéo, cơ quan thanh tra cấp trên có trách nhiệm phối hợp điều chỉnh hoặc tạm dừng kế hoạch thanh tra để đảm bảo rõ ràng, hiệu quả, tránh gây phiền hà cho đối tượng thanh tra.
Về các hành vi bị nghiêm cấm trong hoạt động thanh tra, đại biểu Nguyễn Tạo nêu ví dụ, có bằng chứng việc cơ quan thanh tra nhận được thông tin tố giác rõ ràng nhưng không hành động trong thời gian nhất định, do đó, cần có cơ chế giám sát nội bộ, như yêu cầu thủ trưởng cơ quan thanh tra báo cáo định kỳ về trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm nhưng không quyết định thanh tra để đảm bảo tính minh bạch.
Ngoài ra, đại biểu đề nghị bổ sung quy định báo cáo bằng văn bản với cơ quan cấp trên hoặc Thanh tra Chính phủ khi không có quyết định thanh tra dù có dấu hiệu vi phạm, trừ trường hợp thuộc bí mật Nhà nước, chức năng trách nhiệm giải trình…
Về thời hạn thanh tra, đại biểu Mai Văn Hải (đoàn Thanh Hóa) đề nghị không nên kéo dài thời gian cuộc thanh tra, ảnh hưởng đến hoạt động của cơ quan doanh nghiệp, việc xác minh thông tin cũng cần tiến hành càng nhanh càng tốt không nên kéo dài.
Tại phiên họp, Tổng Thanh tra Chính phủ Đoàn Hồng Phong thay mặt cơ quan chủ trì soạn thảo phát biểu tiếp thu, giải trình làm rõ ý kiến của các đại biểu Quốc hội nêu tại thảo luận tổ và 22 ý kiến phát biểu hội trường hôm nay.
Các nội dung liên quan đến hoạt động thanh tra chuyên ngành; xử lý chồng chéo, trùng lắp trong hoạt động thanh tra với kiểm toán nhà nước; kinh phí trích cho các cơ quan thanh tra…Thanh tra Chính phủ sẽ phối hợp với các đơn vị liên quan tiếp thu toàn bộ ý kiến của đại biểu, trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội xem xét trước khi thông qua tại kỳ họp này.