TPHCM hiện có 132 tuyến đường thủy nội địa với tổng chiều dài hơn 1.433km, 17 luồng hàng hải dài 322km cùng hệ thống cảng biển gồm 95 dự án, với chiều dài cầu bến đạt khoảng 32km – đủ khả năng tiếp nhận các tàu container lớn nhất thế giới.
Trong những năm qua, vận tải hành khách bằng đường thủy đã phát huy hiệu quả, đặc biệt là tuyến tàu cao tốc Bạch Đằng – Vũng Tàu và phà Cần Giờ – Vũng Tàu. Các tuyến này không chỉ góp phần giảm áp lực cho giao thông đường bộ mà còn tạo ra lợi ích rõ rệt về du lịch và kinh tế.

Tuy nhiên, hạ tầng cảng và bến thủy nội địa vẫn chưa phát triển tương xứng với tiềm năng. Thành phố thiếu cảng biển quy mô lớn có thể tiếp nhận nhiều tàu cùng lúc, trong khi hệ thống cảng cạn và cảng thủy nội địa còn manh mún.
Việc kết nối đa phương thức cũng chưa đồng bộ: đường bộ dẫn vào cảng thường xuyên ùn tắc, còn kết nối đường sắt hầu như chưa được triển khai. Bên cạnh đó, nhiều tuyến luồng chính như Lòng Tàu, Soài Rạp phải nạo vét định kỳ, làm phát sinh chi phí duy tu lớn.
Trước thực trạng này, Sở Xây dựng đề xuất chiến lược phát triển dựa trên mô hình "một trung tâm, hai cực". TPHCM sẽ hình thành hai hành lang vận tải thủy chính: hành lang Bắc – Đông Nam, kết nối Tây Ninh, Bình Dương, Đồng Nai với Cái Mép – Thị Vải – Cần Giờ; và hành lang Đông – Tây, kết nối đồng bằng sông Cửu Long với cụm cảng phía Nam.
Trọng tâm của chiến lược là phát triển cụm cảng – logistics Cái Mép – Thị Vải – Cần Giờ theo mô hình “siêu cảng số”, hướng tới mục tiêu trở thành cửa ngõ giao thương quốc tế hàng đầu Đông Nam Á.
Trong giai đoạn đến năm 2030, nhiều dự án ưu tiên sẽ được triển khai, gồm: Cảng trung chuyển quốc tế Cần Giờ, cụm cảng trung chuyển – ICD Long Bình, cảng hành khách quốc tế Nhà Rồng – Khánh Hội, cảng quốc tế Phú Thuận, bến cảng khách quốc tế Vũng Tàu; đồng thời hoàn thiện cảng thủy nội địa vận tải hàng hóa và cảng khách tại Bình Dương, cùng một cảng cạn.
Thành phố sẽ nạo vét, nâng cấp các tuyến thủy huyết mạch như Rạch Chiếc, Trau Trảu, Ông Nhiêu và các tuyến kết nối phía Nam như Rạch Đỉa – Rạch Rơi, Rạch Tôm, Rạch Dơi – Sông Kinh.
Định hướng này kỳ vọng sẽ đưa TPHCM trở thành trung tâm giao thông thủy – cảng biển hiện đại, gắn kết chặt chẽ với hệ thống logistics toàn cầu, đồng thời giảm áp lực cho đường bộ và thúc đẩy phát triển kinh tế – xã hội vùng đô thị mở rộng.