Điểm mới quan trọng là hộ kinh doanh sẽ được tự kê khai và tự tính thuế dựa trên doanh thu thực tế, thay vì áp dụng mức thuế cố định theo phương pháp khoán như trước đây.
Để thực hiện chủ trương xóa bỏ hình thức khoán thuế theo Nghị quyết 68-NQ/TW, Cục Thuế đã xây dựng Đề án “Hoàn thiện chính sách, phương pháp quản lý thuế đối với hộ kinh doanh khi xóa bỏ hình thức thuế khoán”. Trên cơ sở nghiên cứu từ Đề án, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi nội dung quản lý, nhằm đưa hộ kinh doanh vào diện tự khai, tự nộp.
Theo Điều 13 Dự thảo, hộ và cá nhân kinh doanh phải khai thuế theo tháng, quý, năm hoặc từng lần phát sinh nghĩa vụ thuế và khi quyết toán. Việc kê khai được thực hiện theo loại thuế cụ thể như thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân hoặc các khoản thu khác.
Thứ nhất, nếu doanh thu hằng năm thuộc diện không chịu thuế, hộ và cá nhân kinh doanh vẫn phải kê khai doanh thu thực tế phát sinh với cơ quan thuế.

Thứ hai, nếu doanh thu vượt ngưỡng chịu thuế, họ phải tự xác định phương pháp tính thuế, số thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân phải nộp theo quy định.
Đây là lần đầu tiên hộ kinh doanh được chủ động kê khai doanh thu và tự tính số thuế phải nộp theo doanh thu thực tế. Trước đó, Điều 51 Luật Quản lý thuế hiện hành quy định cơ quan thuế căn cứ tài liệu kê khai, dữ liệu quản lý để ấn định mức thuế khoán. Mức thuế khoán thường được xác định theo năm hoặc theo tháng đối với kinh doanh thời vụ, công khai tại địa bàn.
So với phương pháp khoán, cơ chế mới giúp người nộp thuế chủ động hơn, hạn chế rủi ro bị áp mức thuế không hợp lý. Việc ứng dụng công nghệ số và hóa đơn điện tử sẽ đơn giản hóa thủ tục, tiết kiệm thời gian cho cả người nộp và cơ quan thuế, đồng thời nâng cao tính minh bạch.
Thay đổi này cũng góp phần khuyến khích hộ và cá nhân kinh doanh tuân thủ pháp luật, cải thiện chất lượng dữ liệu thuế, từ đó nâng cao hiệu quả quản lý ngân sách nhà nước.
Dự thảo còn bổ sung quy định đối với hộ và cá nhân kinh doanh qua nền tảng thương mại điện tử. Nếu nền tảng có chức năng thanh toán, đơn vị vận hành (trong nước hoặc nước ngoài) sẽ khấu trừ và kê khai, nộp thay thuế cho cá nhân kinh doanh. Ngược lại, nếu nền tảng không tích hợp thanh toán, cá nhân kinh doanh phải trực tiếp kê khai, tính và nộp thuế.
Để đảm bảo triển khai đồng bộ, Bộ Tài chính đề xuất giao Chính phủ quy định chi tiết phương pháp tính thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân, cùng hồ sơ, thủ tục kê khai. Đồng thời, Bộ Tài chính sẽ ban hành chế độ kế toán áp dụng riêng cho hộ và cá nhân kinh doanh, vừa đơn giản vừa bảo đảm minh bạch và kiểm soát nguồn thu.