Theo quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn 2050 và Điều 20 Luật Đường sắt số 95, tuyến Thủ Thiêm - Long Thành được xếp vào loại đường sắt quốc gia, thuộc thẩm quyền quản lý đầu tư của Bộ Giao thông Vận tải.
Đề xuất trước đây của Bộ Xây dựng giao UBND TPHCM làm cơ quan chủ quản dự án bị đánh giá chưa phù hợp với quy định pháp luật. Phó thủ tướng yêu cầu Bộ Xây dựng rút kinh nghiệm trong việc tham mưu, báo cáo còn thiếu chính xác.
Phó thủ tướng Trần Hồng Hà yêu cầu Bộ Xây dựng khẩn trương hoàn thiện điều chỉnh quy hoạch mạng lưới đường sắt đến năm 2050, phải xong trong tháng 10/2025.
UBND TPHCM được chỉ đạo tiếp nhận toàn bộ hồ sơ, tài liệu nghiên cứu liên quan từ Bộ Xây dựng để chủ động xây dựng phương án đầu tư, sẵn sàng triển khai ngay khi đủ điều kiện.

TPHCM và Đồng Nai được yêu cầu phối hợp, rà soát thủ tục pháp lý, báo cáo Thủ tướng Chính phủ về việc thống nhất cơ quan chủ quản dự án theo đúng quy trình, thẩm quyền. Các công việc bao gồm điều chỉnh quy hoạch tỉnh, báo cáo HĐND và xin ý kiến thống nhất để đảm bảo cơ sở pháp lý vững chắc.
Thực tế, dù chưa có quyết định giao làm chủ quản, TPHCM đã chủ động nghiên cứu phương án đầu tư song song cho tuyến Thủ Thiêm - Long Thành và metro số 2 đoạn Bến Thành - Thủ Thiêm với tổng chiều dài khoảng 47,8 km. Đây được xem là phương án đồng bộ nhằm kết nối thuận lợi sân bay Tân Sơn Nhất và Long Thành, giảm áp lực giao thông và tạo động lực phát triển kinh tế vùng.
Một số tập đoàn lớn đã bày tỏ quan tâm. THACO (Công ty cổ phần đầu tư Tập đoàn Trường Hải) đề xuất nghiên cứu, đầu tư tuyến Thủ Thiêm - Long Thành cùng metro số 2 (Tham Lương - Bến Thành; Bến Thành - Thủ Thiêm). Hình thức đầu tư có thể là tổng thầu EPC hoặc đầu tư trực tiếp theo Luật Đầu tư.
Liên danh Tập đoàn Xây dựng giao thông Trung Quốc - CIENCO4 (Việt Nam) cũng gửi đề xuất hợp tác, đóng vai trò tổng thầu EPC và sẵn sàng tính đến phương án hỗ trợ tài chính. Các dự án liên danh này quan tâm bao gồm metro số 2 (Bến Thành - Tham Lương), tuyến Thủ Thiêm - Long Thành và một số tuyến khác trong quy hoạch.
Dự án đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành không chỉ phục vụ vận tải hành khách mà còn mang tính chiến lược, kết nối hai cảng hàng không quốc tế lớn nhất phía Nam, thúc đẩy liên kết vùng TPHCM - Đồng Nai - Bà Rịa Vũng Tàu.