Điểm mới quan trọng là bỏ hoàn toàn các hình thức kỷ luật truyền thống, thay thế bằng biện pháp nhẹ nhàng hơn, chú trọng giáo dục, khắc phục hành vi và hỗ trợ tâm lý cho học sinh.
Trong thông tư cũ, Bộ GD&ĐT từng áp dụng 5 mức kỷ luật gồm khiển trách trước lớp, khiển trách trước hội đồng kỷ luật nhà trường, cảnh cáo trước toàn trường, đuổi học một tuần và nặng nhất là đuổi học một năm. Những hình thức này chính thức được bãi bỏ sau gần 40 năm.
Theo Thông tư 19, nguyên tắc kỷ luật học sinh phải bảo đảm sự tôn trọng, bao dung, khách quan, không định kiến. Việc kỷ luật phải phù hợp với đặc điểm tâm sinh lý, giới tính, thể chất của học sinh; tuyệt đối không được sử dụng biện pháp mang tính bạo lực, xúc phạm nhân phẩm, danh dự hay gây ảnh hưởng tiêu cực đến thể chất và tinh thần.

Thông tư mới chia rõ biện pháp áp dụng cho từng cấp học. Với học sinh tiểu học, khi vi phạm, các em chỉ bị nhắc nhở hoặc yêu cầu xin lỗi. Ở cấp học cao hơn, học sinh có thể bị nhắc nhở, phê bình và yêu cầu viết bản tự kiểm điểm. Đây là những hình thức kỷ luật mang tính giáo dục nhiều hơn là trừng phạt.
Ngoài các biện pháp xử lý vi phạm, Thông tư 19 cũng đưa ra cơ chế hỗ trợ học sinh khắc phục hành vi. Nhà trường có thể thực hiện việc khuyên bảo, động viên để học sinh tự nhận thức được sai phạm và chủ động sửa chữa. Giáo viên và cán bộ tư vấn sẽ theo dõi, hỗ trợ trong suốt quá trình thay đổi hành vi.
Học sinh vi phạm có thể được yêu cầu tham gia các hoạt động tư vấn học đường, công tác xã hội, giáo dục kỹ năng hoặc những hoạt động phù hợp khác do nhà trường quyết định. Những hoạt động này nhằm giúp học sinh thay đổi nhận thức, điều chỉnh hành vi và khắc phục hậu quả.
Thông tư cũng nhấn mạnh vai trò phối hợp với gia đình và các lực lượng xã hội trong việc quản lý, hỗ trợ học sinh. Gia đình, nhà trường và cộng đồng cùng tham gia sẽ tạo nên sự đồng bộ trong việc định hướng lại hành vi và giúp học sinh phát triển lành mạnh. Ngoài ra, văn bản mở ra khả năng áp dụng các biện pháp hỗ trợ khác, miễn là phù hợp với nguyên tắc kỷ luật và điều kiện thực tế của từng nhà trường.
Việc ban hành Thông tư 19 được đánh giá là bước chuyển quan trọng trong công tác quản lý giáo dục, thay đổi tư duy từ “kỷ luật bằng trừng phạt” sang “kỷ luật bằng giáo dục và hỗ trợ”. Sau gần 40 năm áp dụng các hình thức kỷ luật nghiêm khắc, học sinh giờ đây sẽ được tiếp cận cách xử lý nhân văn, hướng đến sự phát triển toàn diện cả về kiến thức lẫn nhân cách.