Nhằm hướng dẫn tháo gỡ các khó khăn trong vận hành mô hình mới, trong đó nhấn mạnh yêu cầu đảm bảo kinh phí chi trả chế độ cho cán bộ, công chức nghỉ việc sau tinh giản.
Theo đó, thực hiện Kết luận 177 và kết luận của Thủ tướng tại Hội nghị về mô hình chính quyền hai cấp, Ban Chỉ đạo của Chính phủ yêu cầu Bộ trưởng, Thủ trưởng các cơ quan ngang Bộ khẩn trương chỉ đạo trả lời kiến nghị và hướng dẫn các địa phương triển khai các nội dung liên quan đến tổ chức bộ máy, đặc biệt tại các địa phương đang thực hiện sắp xếp lại đơn vị hành chính.

Một trong những nội dung đáng chú ý là việc đảm bảo nguồn kinh phí để thực hiện chế độ, chính sách đối với cán bộ, công chức, viên chức nghỉ việc sau sắp xếp theo Nghị định 178 và Nghị định 67. Bộ Tài chính được giao chủ trì, phối hợp các bộ, ngành hoàn thiện cơ chế, chính sách pháp luật về định mức, tiêu chuẩn, đơn giá còn thiếu hoặc chưa phù hợp với thực tiễn.
Đồng thời, Bộ Tài chính cũng phải tổng hợp, đề xuất trình cấp có thẩm quyền phương án cân đối ngân sách, đảm bảo nguồn kinh phí cho các nhiệm vụ tinh giản biên chế, tổ chức lại bộ máy và giải quyết chế độ nghỉ việc. Ngoài ra, cần kịp thời hướng dẫn, tháo gỡ vướng mắc liên quan đến trụ sở làm việc, phương tiện phục vụ công tác cho đội ngũ cán bộ sau khi sắp xếp.
Về tổ chức bộ máy, Bộ Nội vụ được giao chủ trì phối hợp với các cơ quan liên quan hướng dẫn cụ thể thẩm quyền thành lập Trung tâm Phục vụ hành chính công tại các địa phương để đảm bảo áp dụng thống nhất. Bộ cũng sẽ xây dựng, trình Chính phủ ban hành nghị định sửa đổi về thành lập, tổ chức lại, giải thể đơn vị sự nghiệp công lập – trong đó có đơn vị thuộc UBND cấp xã.
Ngoài ra, các bộ, ngành liên quan cũng được yêu cầu xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật cần thiết nhằm hoàn thiện hệ thống hành lang pháp lý cho mô hình chính quyền địa phương 2 cấp, gồm: tiêu chuẩn và phân loại đơn vị hành chính; tiêu chí công nhận xã đảo, xã an toàn khu; tổ chức, hoạt động của thôn và tổ dân phố; quy định trình tự lập, quản lý hồ sơ địa giới hành chính.
Một nội dung đáng chú ý khác là yêu cầu tăng cường nhân lực có chuyên môn, nghiệp vụ cho cấp xã. Bộ Nội vụ được giao đề xuất chính sách khuyến khích hợp lý để thu hút và giữ chân cán bộ giỏi về làm việc tại cơ sở, góp phần nâng cao chất lượng hoạt động chính quyền ở địa phương sau sắp xếp.
Ban Chỉ đạo Chính phủ cũng đề nghị các bộ, cơ quan ngang bộ khác như Bộ Giáo dục và Đào tạo, Bộ Khoa học và Công nghệ... tích cực phối hợp, trả lời kiến nghị của địa phương nhằm đảm bảo vận hành hiệu quả mô hình tổ chức chính quyền 2 cấp – nhất là tại các tỉnh, thành vừa hợp nhất đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã.